Durch das EAG-Bau (Europarechtsanpassungsgesetz) wurde 2004 in § 35 Abs. 1 BauGB als Nr. 6 ein neuer Privilegierungstatbestand eingefügt. Der Grund waren bedenken, dass die Rechtsgrundlage von § 35 Abs. 1 Nr. 1 für Biomasseanlagen im Außenbereich, als eine von der landwirtschaftlichen mitgezogene Nutzung, zur Genehmigung nicht ausreiche. Deshalb wurden Biogasanlagen aus dem Geltungsbereich von Nr. 1 herausgenommen. Begründet wurde die Änderung mit der Notwendigkeit der Verwendung von nicht landwirtschaftlichen Biomassen für einen rentablen Betrieb. Die Genehmigungsvoraussetzungen wurden Gegenstand verschiedener Hinweise und klarstellender Hinweisschreiben der Bauministerien der Länder. Der Inhalt dieser Vollzugshinweise wird immer wieder kontrovers diskutiert, was Anlass für eine zusammenfassende Klarstellung gibt.