Der Aufbau des Wasserstoff-Kernnetzes soll bis 2055 durch Netzentgelte refinanziert werden. Die Festlegung WANDA schafft hierfür den regulatorischen Rahmen und gibt Vorgaben für die Bestimmung eines marktfähigen Entgelts für den Wasserstoffhochlauf. Das Entgelt wird ab 2025 an allen Ein- und Ausspeisepunkten des Wasserstoff-Kernnetzes erhoben. Es soll bis zum Jahr 2055 möglichst konstant bleiben. Die Bundesnetzagentur überprüft seine Höhe alle drei Jahre und passt es bei Bedarf an.
Die Finanzierungslücken, die den Netzbetreibern durch die zeitliche Verschiebung ihrer Erlöse entstehen, sollen durch einen staatlich abgesicherten Fördermechanismus zeitweilig zwischenfinanziert werden. Dieser Mechanismus ist nicht Teil der WANDA-Festlegung und wird vom Gesetzgeber im Energiewirtschaftsgesetz geregelt.